A cidade pertenceu ao Paraná até 1916, quando suas terras foram definitivamente anexadas a Santa Catarina. Tornou-se município em 1917.
A cidade já teve a economia baseada na extração de madeira e no cultivo de erva-mate. Atualmente, com um grande e diversificado parque industrial, é considerada a maior cidade do Meio-Oeste e polo econômico da região.

Antigamente o Estado de Santa Catarina limitava-se até a margem esquerda do Rio do Peixe, e todo o Oeste foi palco de inúmeras disputas. Uma delas ocorreu entre o Brasil e a Argentina, que requeria a tomada da região a partir de 1881, argumentando para isso o Tratado de Tordesilhas e as Missões Jesuítas. Entretanto, as marcas e os rastros deixados pelos bandeirantes paulistas permitirem que o Barão do rio Branco convencesse o Presidente Grover Cleveland dos Estados Unidos, árbitro da questão, a posicionar-se a favor do Brasil na questão das Missões e, 1895.
Até 1916 as terras de Joaçaba pertenciam ao Município de Palmas, no Paraná, e faziam parte da região contestada por Paraná e Santa Catarina. Ainda em 1916, a questão do Contestado chegou ao fim, com a dizimação dos jagunços e a destruição de seus redutos. Com a assinatura do acordo sobre os limites de território, coube definitivamente a Santa Catarina as terras até então contestadas.
Conforme a Lei Estadual número 1.147, de 25 de agosto de 1917, criaram-se os municípios de Cruzeiro (atual Joaçaba), Chapecó, Porto União e Mafra, dividindo o território do Contestado em quatro grandes municípios, que, posteriormente, desdobraram-se em inúmeros outros, formando o atual quadro físico de Santa Catarina. Devido às facilidades advindas da Estrada de Ferro, a sede provisória do Município de Cruzeiro ficou sendo Limeira. A 20 de agosto de 1919, a sede de Cruzeiro foi transferida de Limeira para Catanduva, que passou à categoria de vila, com o mesmo nome do município, isto é, Vila Cruzeiro.
E, 1926, a sede do município passou novamente para o povoado de Limeira, que foi elevado à categoria de vila, com o mesmo nome de Limeira. Com isso, a vila de Cruzeiro (Catanduva) volta à categoria de povoado, por não admitir a lei de então a categoria de vila senão para as sedes de município. E, 1928, a vila de Limeira passou a chamar-se Cruzeiro do Sul e a povoação de Catanduva, então denominada Cruzeiro, passou a denominar-se Catanduva (plural), continuando, porém, o município com o nome de Cruzeiro. Em 1938, a vila de Cruzeiro do Sul foi elevada Pa categoria de cidade e o município com este mesmo nome. Em 1943, em obediência à legislação federal que proibia a duplicidade de topônimos para cidades e vilas brasileiras, o município e a cidade passaram a denominar-se Joaçaba, palavra que em Tupi-guarani quer dizer “encruzilhada” ou “cruzeiro” para alguns e “cruz dos índios” para outros. Logo depois a Câmara dos Vereadores modificou o termo para Joaçaba.
A colonização de Joaçaba tem como referencial os imigrantes gaúchos de origem italiana e alemã. Eram atraídos pelas terras férteis do Vale do Rio do Peixe e pela madeira de lei que parecia inesgotável. Por volta de 1900, de posse de pequenas colônias de terra, deram os primeiros passos na produção agrícola.
Contudo, a colonização foi entravada pelo estado de insegurança provocada pelo caudilhismo. Em 1926 a ordem foi restabelecida e até 1930 surgiram novas correntes migratórias. As rodoviárias eram precárias e a estrada de ferro passava a ter importância decisiva no escoamento da produção e no abastecimento dos colonizadores.
Mais tarde começaram a surgir as primeiras indústrias de implementos agrícolas acentuando-se as atividades comerciais e formando-se a base econômica do município que passou a liderar uma região potencialmente produtiva.